राज्य सहकारी निवडणूक प्राधिकरणाचे सचिवपदासह डॉ. खंडागळे यांनी यापुर्वी सहकार आयुक्तालयातील अपर निबंधक (पतसंस्था), पुणे कृषी उत्पन्न बाजार समितीचे सचिव, आयुक्तालयात अपर निबंधक (गृहनिर्माण), अपर आयुक्त व विशेष निबंधक आणि अपर निबंधक (लेखापरिक्षण) या पदावरही काम केलेले आहे. प्राधिकरणाच्या सचिव पदाच्या त्यांच्या कारकिर्दीत राज्यातील सुमारे 260 कृषी उत्पन्न बाजार समित्यांच्या निवडणूका एकावेळी व यशस्वीपणे पार पाडण्यात आल्या. त्यानुसार सोमवारी सचिव पदाचा पदभार घेणार असल्याचे खंडागळे यांनी सांगितले. तर निवडणूक प्राधिकरणाच्या सचिव पदाचा अतिरिक्त पदभार सह सहकारी निवडणूक आयुक्त वसंत पाटील यांच्याकडे देण्यात आला आहे.