11 जुलै 2006 रोजीची संध्याकाळ दहशत घेऊनच आली. सायंकाळी 6.24 वाजता पश्चिम (वेस्टर्न) रेल्वे मार्गावर पहिला स्फोट झाला आणि त्यापाठोपाठ सात रेल्वे स्थानकांवरील लोकल गाड्यांमध्ये स्फोटांची मालिकाच घडली. कार्यालयांतून घरी परतणार्या मुंबईकरांची प्रचंड गर्दी ठिकठिकाणी आणि लोकल गाड्यांमध्येही होती. ही गर्दीची वेळ हेरूनच माटुंगा रोड, वांद्रे, खार रोड, माहीम जंक्शन, जोगेश्वरी, भाईंदर आणि बोरिवली स्थानकांजवळ सात स्फोट घडवण्यात आले. प्रत्येक स्फोटामध्ये 1 ते 2 मिनिटांचे अंतर होते.
माटुंगा ते मीरा रोडदरम्यान धावत्या लोकलमध्ये हे स्फोट होतील, अशी दहशतवाद्यांची योजना होती. हे स्फोट इतके शक्तिशाली होते की, केवळ लोकलच्या डब्यातील प्रवासीच नव्हे, तर स्थानकावर उभे प्रवासीही या स्फोटांचे बळी ठरले. खासकरून माहीम आणि बोरिवली या दोन स्थानकांवर लोकलच्या डब्यातील प्रवाशांसोबतच गाडीची वाट पाहत उभे प्रवासीही या स्फोटात मारले गेले.
या स्फोटांसाठी प्रेशर कुकरचा वापर करण्यात आला. हे सर्व बॉम्ब लोकल रेल्वेच्या प्रथम श्रेणी डब्यांमध्ये ठेवण्यात आले होते. कोचचे तुकडे झाले. स्फोटासाठी चर्चगेटहून लांबच्या गाड्यांना लक्ष्य करण्यात आले. कारण या ट्रेनमध्ये घराकडे परतणार्या प्रवाशांची संख्या अधिक असते. या हल्ल्याची जबाबदारी दहशतवादी संघटना लष्कर-ए-तोयबाने घेतली होती.
गुजरातमध्ये झालेल्या हिंसाचाराचा सूड म्हणून मुंबईतील गुजराती नागरिकांना लक्ष्य करण्यासाठी लष्कर-ए-तोयबाने हे स्फोट घडवून आणल्याची एक थिअरी तपासादरम्यान समोर आली होती.
तपासातून समोर आलेल्या माहितीनुसार, आयएसआय आणि दहशतवादी संघटना लष्कर-ए-तोयबा या पाकिस्तानच्या गुप्तचर संस्थांनी मिळून बॉम्बस्फोटाचा कट रचला होता. तसेच, भारतातील स्टुडंट इस्लामिक मूव्हमेंट ऑफ इंडिया या संघटनेचे सदस्यही यात सामील होते. इंडियन मुजाहिद्दीनचा प्रमुख रियाज भटकळ याने या स्फोटांची योजना आखली होती, असेही नंतरच्या तपासात समोर आले.
या बॉम्बस्फोट आरोपींमध्ये सर्वाधिक आठ आरोपी मिरा रोडच्या नयानगर पोलीस ठाणे हद्दीत राहात होते. नयानगरमध्ये राहणारे ऐशेतम कुतुबुद्दीन सिद्दीकी,मोहम्मद फैजल अत्ताऊर रहमान खान, नावेद हुसेन रशीद खान, मुजमील आताऊ रहमान शेख, मोहम्मद साजिद मारगुब अन्सारी, नासिर केवल आणि अब्दुल सुभान उस्मान कुरेशी उर्फ तौकीर, जाहिद युसूफ पटणे, राहील अत्ताऊर शेख यांचा समावेश आहे.
या साखळी बॉम्बस्फोटातील 13 आरोपी आजही फरार आहेत. यातील 9 पाकिस्तानमध्ये असल्याचे सांगितले जाते. उर्वरित भारतीय असून ते हाती लागलेले नाहीत. त्यांच्यावर प्रत्येकी 25 लाख रुपये पोलिसांनी बक्षीस जाहीर केले आहे.