केवळ एका मताने वाजपेयी सरकारचा झालेला पराभव व त्यामुळे निर्माण झालेली काँग्रेसविरोधी लाट, कारगिल युद्ध, शरद पवार यांच्या नेतृत्वाखाली काँग्रेस पक्षात फूट व राष्ट्रवादी काँग्रेसची स्थापना या पार्श्‍वभूमीवर १९९९ मध्ये झालेल्या लोकसभा निवडणुकांत भाजप आघाडीला लोकसभेत बहुमत मिळाले. अवघ्या दीड वर्षातच निवडणूक घ्यावी लागत असल्याने दहा वर्षापासून निर्माण झालेल्या राजकीय अस्थिरतेलाही जनता कंटाळली होती. १९९९ ला झालेल्या निवडणुकीत मराठवाड्याने नवे नेते जन्माला घातले, काही दिग्गजांचे पराभव झाले. त्यात छत्रपती संभाजीनगरातून माजी मुख्यमंत्री बॅ. अ. र. अंतुले यांचा शिवसेनेचे नेते चंद्रकांत खैरे यांनी पराभव केला.
खैरे यांना ३८३,१४४ तर अंतुले यांना ३२७,२५५ आणि राष्ट्रवादी काँग्रेसचे बाबूराव पवारांना १३४,८३१ मते मिळाली. ५५,८८९ मतांनी खैरेंचा विजय झाला. वास्तविक अंतुले हे रायगडचे (कुलाबा). १९८० ते ८२ या काळात ते महाराष्ट्राचे मुख्यमंत्री राहिले होते. १८८९, १९९१, १९९६ या तीन निवडणुका ते रायगडमधून जिंकले. पण १९९८ ला ते शेकापकडून पराभूत झाल्यामुळे त्यांनी थेट संभाजीनगरातून उभे राहण्याचे ठरविले. त्यामागील कारण अर्थातच या मतदारसंघातील मुस्लिम आणि दलित मतांचा कौल आपल्याला मिळेल, असा त्यांचा अंदाज होता. तो काही खोटाही नव्हता. राष्ट्रवादीचे उमेदवार रिंगणात नसते तर ही निवडणूक नक्‍कीच खैरे यांनाही जड गेली असती. अंतुले बाहेरचे असूनही त्यांना सव्वा तीन लाख मते मिळाली, हे विशेष. या पराभवामुळे संभाजीनगरात चंद्रकांत खैरे यांना मोठी संधी मिळाली आणि ते सलग चार वेळा लोकसभेत पोहचले.
बीडमधून भाजपचे जयसिंगराव पाटील निवडून आले. त्यांनी राष्ट्रवादीचे राधाकृष्ण पाटील, काँग्रेसचे अशोक पाटील यांना पराभूत केले. हिंगोलीतून शिवाजी माने यांनी राष्ट्रवादीच्या नेत्या सूर्यकांता पाटील यांना तिसर्‍या क्रमांकावर फेकले. माने यांना २९७,२८४, माधवराव पोले २१६,६२९, सूर्यकांता पाटील १७५,२२४ मते मिळाली. जालन्यातून भाजपचे रावसाहेब दानवे यांनी बाजी मारली. या ठिकाणी ज्ञानदेव बांगर (काँग्रेस), विजयअण्णा बोराडे (राष्ट्रवादी) यांना हार पत्करावी लागली.
परभणीत शिवसेनेचे सुरेश जाधव यांनी काँग्रेस नेते व माजी मंत्री रावसाहेब जामकर आणि राष्ट्रवादीचे सुरेश वरपूडकर यांना पराभूत केले. जाधव यांना २५४०१९, जामकरांना २१०,३५४ तर वरपूडकरांना १७९,४४३ मते मिळाली. सज्जन नेता अशी प्रतिमा जामकर यांची परभणी जिल्ह्यात होती. परभणीच्या अ. भा. मराठी साहित्य संमेलनाचे ते स्वागताध्यक्षही होते. आमदार म्हणून त्यांनी प्रभावी काम केले होते. वरपूडकर यांनाही आमदार, खासदारकीचा अनुभव होता. नांदेडला भास्करराव खतगावकर यांनी त्यांचे पारंपरिक प्रति स्पर्धी डॉ. धनाजीराव देशमुख यांना पराभूत केले. लातुरात शिवराज पाटील चाकूरकर यांनी आपले स्थान कायम ठेवले. या निवडणुकीत जसे दिग्गज पराभूत झाले, तसेच नवीन चेहरे पुढे आले. त्यात खा. चंद्रकांत खैरे, रावसाहेब दानवे पाटील यांचा नामोल्‍लेख करावा लागतो.